La victoire de l’Église manquait d'éclat. Elle ressemblait trop à un coup de force. Le traitement honteux infligé à Galilée avait tout d'abord intimidé ses fidèles mais, bientôt, des voix commencèrent à s'élever pour constater que le fait théologique est différent de la recherche scientifique. Un sentiment de malaise se répandait dans les académies. La compétence de l’Église était critiquée dès lors qu'elle sortait de la religion pour imposer à la société des certitudes qu'elle ne connaissait que par les Écritures.

En dépit des efforts de l’Église pour imposer silence aux contestataires et des moyens puissants dont elle disposait, le XVIIe siècle vit à la fois une montée des connaissances et, en proportion, une opposition hésitante tout d'abord, mais de plus en plus résolue même si elle restait fort modérée face aux prétentions de l’Église de tout savoir. De Kepler à Newton en passant par Descartes et Pascal, de grands noms sortaient de l'anonymat. D'autres se pressaient déjà au portillon. Aucun d'entre eux cependant ne contestait la prééminence de l’Église, mais leurs travaux préparaient l'explosion qui allait suivre car il n'était plus possible de continuer à croire sans comprendre.

Après le rayonnement du Roi Soleil et l'avènement du siècle des Lumières, le décor change encore. Les scientifiques sont de plus en plus convaincus que, libérée de ses derniers secrets, la nature, belle et nue, apparaîtrait dans toutes ses perfections. Plus rien ne s'opposerait à la compréhension du monde sans qu'il faille pour cela invoquer une quelconque intervention divine. Mais les prétentions de la science du XVIIIe siècle étaient très excessives car, depuis, l'horizon des connaissances n'a cessé de reculer et il est patent, aujourd'hui, que face à l'inconnu, la recherche a encore de nombreux siècles devant elle avant de découvrir le dernier mot du savoir, s'il existe, ce dont on peut douter.

Néanmoins, l'enthousiasme était immense et les plus entreprenants commencèrent à rassembler toutes les connaissances de l'humanité dans l'Encyclopédie dont le but était de montrer non seulement l'étendue du décryptage le plus récent des mystères de la nature, mais aussi de prouver que, avec l'activité de l'intellection sur toutes les choses et les phénomènes, la croyance en Dieu n'était plus qu'inanité.

Avec le XIXe siècle, une vraie guerre d’usure, avec des épisodes plus violents, opposa l’Église régnant encore sur les cœurs et la science dont les victoires lui conquéraient les esprits. Cet affrontement de plus en plus permanent déboucha sur la séparation de l’Église et de l’État, sur la laïcité élevée en règle éthique de gouvernement.

L’apaisement fut relatif mais utile cependant en dépit de l’improbation du Vatican. Chacun campait sur ses positions, l’arme au pied mais chargée et prête à faire feu.

Les sentiments belliqueux eurent bientôt l’occasion de s’exercer sur un autre théâtre lors des deux guerres mondiales. Les protagonistes en sortirent épuisés et disposés à faire enfin la paix ou, au moins, à consentir un armistice prudent.

Mais les choses se gâtèrent bientôt à l’initiative des juifs.